胰腺囊肿

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王成锋团队揭示基因组结构变异与染色 [复制链接]

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绝大多数的胰腺癌是起源于胰管上皮的胰腺导管腺癌(pancreaticductaladenocarcinoma,PDAC),近年来虽然在基础研究和临床诊治领域取得了一些进展,但胰腺癌患者的总体生存始终没有明显改善,突显出全面多维度地认识PDAC发生发展的分子基础已经变得尤为紧迫和必要。经典PDAC发展模型认为特定的遗传基因突变,如KRAS、CDKN2A、TP53和SMAD4等能相继启动和驱动PDAC进展,然而作为遗传变异的重要来源,更大片断的结构变异(structuralvariation,SV)和三维染色质空间结构在胰腺癌导管上皮细胞恶变过程的分子特征和动态互作仍不清楚。目前最新三代长读取测序技术和染色质空间构象捕获技术的快速发展为解答这些疑问提供了重要契机。

年5月15日,国家癌症中心、中医院分子肿瘤学国家重点实验室和胰胃外科王成锋教授(科主任)团队在国际知名学术期刊AdvancedScience(IF:16.8)上发表最新成果“Dynamicinterplaybetweenstructuralvariationsand3Dgenomeorganizationinpancreaticcancer”,并入选同期封面论文。研究人员通过整合单分子实时测序(single-moleculereal-time,SMRT)、高通量染色质构象捕获(high-throughputchromosomeconformationcapture,Hi-C)和RNA-seq等多组学技术,对源自人胰腺导管上皮的胰腺癌细胞和正常的永生化人胰腺导管上皮细胞进行了深入研究和综合分析,成功揭示了PDAC细胞中SV的特征图谱和染色体空间结构的多尺度重塑,并进一步阐释了SV与染色质三维结构之间的复杂的相互作用及其对基因表达的影响。

图1SV可通过破坏结构域的边界(CDB)重塑染色质的空间构象

研究显示,PDAC细胞中存在超过个SV,其中插入突变(INS)和删失突变(DEL)是两种最常见的变异类型,这些具有细胞异质性的SV增加了胰腺上皮细胞在恶性转化过程中的基因组不稳定性。PDAC细胞的染色质三维结构在区室(

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